`줄기세포 논문조작' 사건 속행공판에서 황우석 전 서울대 교수는 2005년 사이언스 논문이 유전자 지문분석ㆍ핵형ㆍ면역적합성 검사 등 검증 단계에서 조작됐으며 포괄적인 책임을 인정했다. 하지만 황 교수는 2004년 사이언스 논문의 토대가 된 연구팀의 줄기세포 NT-1이 처녀생식에 의한 것이라는 서울대 조사위원회의 조사 결과를 인정하지 않았다. 황 전 교수는 "아직 저희도 의문을 갖고 있다. 국제컨소시엄을 구성해 연구하고 싶다"고 주장했다. 서울중앙지법 형사합의26부(황현주 부장판사) 심리로 4일 오전 열린 속행공판에서 황 전 교수는 2005년 사이언스 논문 조작 사실을 항목별로 추궁하는 검찰 신문에 "구체적 지시를 했는지 기억나지 않지만 포괄적인 책임은 인정하겠다"고 진술했다. 그는 2005년 사이언스 논문을 제출하기 전 체세포복제줄기세포 여부를 확인하는 면역염색 검사, 줄기세포의 돌연변이 유무 확인을 위한 핵형 검사, 줄기세포 분화능력을 측정하는 배아체형성 검사, 환자맞춤형 줄기세포를 환자에게 주입했을 때 나타나는 거부반응을 측정하는 면역적합성 검사 등에서 조작을 지시했음을 시인했다. 그는 "구체적인 기억이 나지는 않더라도 포괄적으로 논문 조작을 지시했던 것은 맞지 않느냐"는 검찰 신문에 "구체적으로 지시한 건 아니겠지만 그런 취지로 지시한 건 맞다"고 말했다. 그는 또 "인간 줄기세포의 연구성과를 과대포장하기 위해 2005년 논문에 허위내용을 기재하도록 지시한 것 아니냐"는 검찰 신문에는 "그건 분명히 저의 잘못이다. 인정한다"고 답변했다. 반면 황 전 교수는 2004년 사이언스 논문의 토대가 된 줄기세포 NT-1이 처녀생식에 의한 산물이라는 서울대 조사위의 조사결과를 제시한 검찰 신문에 대해서는 "NT-1은 처녀생식이 아니다. 처녀생식 여부는 아직 저희도 의문이다. 심도있는 국제적 연구컨소시엄을 구성해 연구하고 싶다"고 주장했다. 이 밖에 그는 연구용 난자를 제공한 장상식 한나산부인과 원장에게 잉여난자 제공 대가로 과배란주사제를 제공한 게 아니냐는 검찰 신문에도 "감사의 표시로 준 것일 뿐 대가성이 있는 게 아니다"고 부인했다.