시사평론가 진중권씨가 줄기세포 관련 내용을 담은 ‘추적 60분’에 신랄한 비판을 가한 것에 대해 KBS측이 민형사상 책임을 묻겠다고 나섰다. 진씨는 자신이 자신의 라디오 방송 ‘SBS진중권의 시사전망대’에서 “MBC 피디수첩과 KBS의 추적60분은 차이가 나도 너무 난다”며 “이 방송이 공중파를 탔다면, 길바닥 음모론을 그대로 내보내 비웃음을 산 KBS ‘시사중심’의 2탄이 될 뻔 했다”고 비난했다. 또한 그는 “듣자 하니 줄기세포 1번이 체세포복제줄기세포일 가능성이 높다는 내용도 들어 있다고 하더라”며 “그렇다면 황 박사 팀이 왜 논문을 조작해야 했는지 납득할 수 없는데, 그 부분에 대해서는 어떤 대답을 내놓고 있는지 궁금하다”고 꼬집었다. 이어 “방송의 내용은 그동안 황우석 지지자들이 펼쳐온 주장과 다를게 하등없다”며 “이들의 행태가 극단으로 치닫는 상황에서, 그들을 그렇게 만든 언론이 반성은커녕 외려 이런 프로그램을 만들어 그들의 일탈행위에 기름을 붓는 것은, 심히 부도덕해 보인다”고 덧붙였다. 문 피디와 KBS측의 갈등에 대해서도 “담당 PD가 이 프로그램을 인터넷에 공개하겠다고 하는 모양인데 그 프로그램은 전국방송인 KBS가 아니라 동네방송 DBS로 나가는 게 어울릴 것 같다”고 말했다. '추적 60분' 제작진은 6일 사이버수사대에 성명을 올려 SBS와 진중권, 그리고 이를 전재한 오마이뉴스 등을 언론중재위에 제소하고 민형사상 책임을 묻기로 했다고 밝혔다. 진씨는 뒤늦게 ‘추적60분’에 대한 전체적 평가가 아님을 밝히고 사과방송을 통해 KBS측에 유감을 전했다.