지난 27일 국회 국방위에서 김정일 방위사업청장과의 대화 중 “우선 기본적으로 방사청장님의 철학과 조직의 문화를 만들어 내야 되는 겁니다. 안 그러면 나중에 한나라당이 집권하면 다 뒤집힙니다. 감옥소 가고…”라는 말을 해 정계에 커다란 파장을 일으킨 한나라당 공성진 의원이 자신의 발언에 대해 사실 해명에 나섰다. 공 의원은 한나라당 홈페이지에 ‘사실과 진실’이라는 제목의 글을 게재하고 “말은 말 자체보다도 그 외의 정황적 상황이 더 중요하다”며 “정 반대 취지로 한 말인데 그 말 자체만 떼어놓고 보면 오해를 불러일으킬 수 있다”고 주장했다. 27일 방위사업청의 업무보고 과정에서 의사결정구조가 단일화되면 비리가 발생할 여지가 많다는 취지의 발언을 하였을 뿐이라는 공 의원은 “그동안 국방부, 합참, 육·해·공 각 군 사업단, 조달본부 등 8개 기관이 해오던 무기도입 및 군수조달 업무를 통·폐합해 맡게 되는 방위사업청은 우리나라 역사상은 물론 전 세계적으로도 그 유례가 없이 막강한 권한을 가진다”며 “국민의 대표기관으로서 이렇듯 무소불위의 권한을 가진 방위사업청이 비리로 얼룩졌던 과거의 선례를 되풀이 하지 않도록 첫 단추를 잘 채우라고 당부하였던 것”이라고 해명했다. 그러나 공 의원은 자신이 ‘감옥’ 발언을 한 것에 대해서는 시인하며 “로비로 인해 국민의 뜻에 어긋나는 결정을 한다면 이에 대한 책임을 반드시 져야 한다고 경각심을 일깨우는 의미의 표현을 사용한 것이 앞뒤 뚝 잘린 채 부각되었다”고 주장하고 “최초 보도된 언론기사에서도 ‘공 의원이 방위사업청의 정책방향을 수정시키겠다는 의도는 헛발질이 되었고 문제발언만 부각되었다’며 특정 발언내용만 부각시킨 점을 스스로 인정하고 있다”고 억울함을 호소했다. 또한 공 의원은 자신의 정당성을 주장하기 위해 당시 회의장 상황을 예로 들며 “당시 회의장에 있었던 사람이라면 아무도 언론보도와 같은 시각으로 이해하지 않았을 것”이라고 주장했다. 덧붙여 “당시 함께 자리에 계셨던 김성곤 국방위원장님을 비롯한 열린우리당 의원님들 누구도 이의를 제기하지 않으셨던 것만 보더라도 알 수 있지 않는가”라고 반문하기도 했다. 한편, 열린우리당 양기대 수석 부대변인은 공 의원의 주장과는 달리 “공 의원이 국방 관련 사업 담당자들을 마치 잠재적 범법자로 몰아치는 모습을 보면서 그 오만함에 놀라울 따름”이라며 “5.31 지방선거에서 승리했다고 해서 벌써 집권이나 한 듯한 한나라당의 분위기를 대변한 것이 아니냐”고 맹비난을 했다.