공정거래위원회는 2006. 6. 28.(수) 전원회의를 개최하여 고가의 수의계약방식을 통해 계열회사를 부당하게 지원한 한국철도공사에 대해 시정명령을 내리고 총 1억3천4백만원의 과징금을 부과했다. 한국철도공사는 ‘2005년도 전동차 청소사업 용역’을 계열회사인 (주)한국철도종합서비스에게 수의계약방식으로 발주하면서 수도권소재 다른 전동차 운영기관들(서울메트로, 서울도시철도공사, 인천지하철공사)의 경쟁입찰에 의한 낙찰율 75~82%보다 16~23%p 높은 낙찰율 98%로, 이 회사들의 1량당 연간 평균용역단가 246만6천원보다 57.3% 높은 단가인 387만9천원으로 계약을 체결했다. · 지원성거래규모 : 64억5천5백만원, 지원금액 : 6억4천5백만원과징금 : 1억2천9백만원 또한, “2005년도 수도권 전철(과천선, 분당선, 일산선) 지하구간 조명설비 보수공사”를 2004년까지 경쟁입찰방식으로 발주해 오던 것을 수의계약방식으로 변경해 계열회사인 한국철도전기시스템(주)에게 발주하면서 수도권소재 다른 전동차 운영기관들이 적용한 제조부문 노임단가(전기기술자 39,583원~52,482원, 보조원 31,309원)보다 최고 2배가 높은 건설부문 노임단가(전기기술자 81,196원, 보조원 52,585원)를 설계에 적용해 공사금액을 높게 산정하고, ‘04년도 경쟁입찰에 의한 낙찰율 87.7%보다 9.4%p 높은 낙찰율 97.1%로 계약을 체결했다. · 지원성거래규모 : 3억1백만원, 지원금액 : 2천8백만원, 과징금 : 5백만원 이 사건은 '05. 4월～6월까지 감사원이 한국철도공사의 출자회사 설립·운영실태를 감사한 결과 인지된 부당내부거래 혐의사항을 공정거래위원회에 통보('05.12)하여 이 혐의사항을 토대로 공정거래위원회가 조사해 적발한 것이다. 앞으로 공정거래위원회는 부당지원행위에 대한 상시감시를 통해 혐의가 있는 기업에 대해 선별적으로 직권조사를 실시해 나갈 계획이다.