서울역 지하도에서 전단을 나눠주는 남자에게 우연히 받은 한 장의 전단지 흔히들 나눠주는 전단이려니 하고 무심코 그 전단을 받아 봤는데... 1997년 초, 신태라 감독은 서울역 지하도에서 우연히 한 장의 전단지를 받게된다. 흔히들 나눠주는 전단이려니 하고 무심코 받아 봤는데... “저는 실험을 당했습니다. 그 후로 몸이 이상해지고 환청도 들립니다. 지금도 감시 당하고 있습니다. 대통령에게도 편지를 보냈지만 답변이 없습니다. 제발 도와주세요.” 감독은 다시 되돌아가 그를 만나려 했지만 이미 사라지고 없었다. 결국 그 한 장의 전단지를 통해 영화를 만들기를 결심하게 되었고, 음모 이론과 생체실험, 복제인간 연구에 대한 자료 수집과 각종 실종 사건들에 대한 보도에서 발전시켜 8년여 만에 이 영화를 만들어 냈다. 국내 디지털 독립장편영화에서는 보기 드문 SF 장르 영화를 표명하는 '브레인웨이브'(에너지 스튜디오 제작, CJ엔터테인먼트 배급)는 국내에서도 X파일처럼 음모에 휘말린 사람이 있을 것이라는 확신을 토대로 만든 내용이다. 또한 특수촬영과 시각효과의 기술적 한계를 놀라운 상상력과 독특한 표현력으로 시도하여 저예산 영화의 기술적 한계를 극복하고자 하였다. ‘EPL 이론’, ‘뇌활동 조절 연구소 바콜’, ‘Hy-Brain Project’ 등의 설정자료가 보여주듯 이 영화가 가지는 컬트적 취향과 신태라 감독의 독특한 전작들은 유별난 장르 영화를 탄생시켰다. 신태라 감독은 오로지 이 영화의 제작을 위해 8년여의 시간동안 기획을 하고 여러편의 단편영화 제작과 상업영화 현장에서 스탭으로 참여하면서 현장경험을 쌓으며 조금씩 제작비를 모았다. 컴퓨터와 디지털 기술의 발전을 기다려 오며 2004년 가을 시나리오를 완성, 2천만원도 안되는 예산의 제작비로 친구들과 함께 2005년 1월부터 3월까지 25회의 촬영 기간 동안 알차게 작업한 가내수공업 장편영화이다.