행정자치부는 2004년 3월 23일 법에 의하여 설립되지 않은 공무원단체(자칭 '전공노')가 자체 대의원 대회에서 특정정당을 지지하는 등의 행위는공무원의 집단행동 금지 및 정치운동 금지를 규정하고 있는 국가공무원법 제65조 및 제66조(지방공무원법은 제57조 및 제58조)에 위반될 뿐만 아니라 공직선거및선거부정방지법 제9조에 규정된 공무원의 정치적 중립의무에도 위반되는 것으로 보고 엄정대처할 방침이다. 이에 따라 행정자치부는 소위 '전공노'의 불법행위와 관련하여 집단행동 및 정치운동에 주도적으로 관여한 책임있는 집행간부에 대하여 해당 소속기관에 중징계를 요구하고, 수사기관에는 사법조치를 요구하는 한편, 각부처, 지방자치단체 및 시·도기관장에 대하여도 이번 불법행위와 관련하여 소속공무원 및 공무원단체의 활동중 위법여부가 확인될 경우에는 법과 원칙에 따라 관계자 문책 및 검·경고발 등 엄정 조치토록 요구하였다. 참고로 행정자치부에서는 지난 3.20일 공무원단체의 불법행위에 엄정 대처토록 각부처 및 지방자치단체·교육청에 관련 지침을 이미 시달한 바 있다.