민물양식장에 대한 항생제 과다사용 논란이 일고 있는 가운데, 해양수산부의 전체 민물양식장에 대한 항생제 검사율이 5.2%에 그쳐 항생제 살포에 대한 관계 당국의 감시와 통제가 허술하다는 지적이다. 더구나 수산물 항생제의 판매량이 2003년 165톤, 2004년 218톤, 2006년 258톤으로 증가하고 있는데 반해 핀매된 항생제의 10~15%만이 어의사 등 전문가의 진단을 통해 사용하고 있어 진단을 받지 않은 85~90%의 항생제의 오남용에 대한 감시가 이뤄지지 않고 있다. 한나라당 홍문표(농림해양수산위/ 예산홍성)의원이 17일 해양수산부로부터 받은‘전국 민물양식장 항생제 사용 점검현황’에 따르면 서울을 제외한 전국 15개 시도의 민물양식장 가운데 충북, 경남, 인천을 제외한 나머지 12개 시도의 민물양식장에 대한 항생제 검사는 전무한 것으로 드러났다. 2005년 현재 전국의 민물양식장(내수면양식장)은 총 2,793개로 2005년도 민물양식장 총수로 분석하면 2003년에는 전체 양식장의 4.65%, 2004년에는 5.4%, 2005년에는 5.5%만 검사한 것으로 드러났다. 3년 평균 5.2%만 항생제 검사를 한 것으로 나타났다. 2005년 10월 발생한 말라카이트 그린 파동 이후 더욱 강화해야 했던 민물양식장에 대한 항생제 사용여부 감독이 전무했다는 결론이다. 자료에 따르면, 부산, 대구, 광주(光州), 대전, 울산, 경기, 강원, 충남, 전북, 전남, 경북, 제주 지역은 지난 3년 간 단 한차례의 항생제 사용여부 검사조차 없었던 것으로 나타났다. 한나라당 홍문표의원은“말라카이트 그린 파동 이후에도 해수부의 항생제 관리감독 기능이 발휘되지 않은 것은 직무유기”라며 “해수부가 직무유기를 계속한다면 양식업자들만 선의의 피해를 볼 수밖에 없다"고 말했다.