행정자치부의 「지방세감면조례 표준안」에 따르면 기업도시개발사업 시행자와 기업도시개발구역에 입주하는 기업은 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 15년간 면제받고 재산세는 처음 5년간 면제, 이후 3년간 50%를 감면받게 되며 이는 산업단지, 경제자유구역 등 기존의 특구와 유사한 수준의 세제지원이다.
금번 세제지원으로 기업도시 시범사업 6곳 중 가장 빠르게 진행되고 있는 태안의 경우 사업 시행자인 현대건설이 약 400억원 규모의 감면혜택을 받게 되며 현대건설은 사업부지의 90% 이상을 소유하고 있는 데 반해, 다른 5개 지역은 사업 시행자가 대부분의 토지를 새로 매입해야 하는 점을 감안하면 전체 감면규모는 상당할 것으로 보인다.
기업도시에 대한 지방세 감면 기준은 「조세특례제한법」규정상 지방자치단체가 15년의 범위 안에서 행정자치부장관의 허가를 얻어 조례로 정하도록 되어 있으나, 행정자치부는 지방자치단체가 「표준안」의 범위 내에서 감면 기준을 정하는 경우 동법상의 허가를 받은 것으로 보아 관련절차를 간소화, 기업도시개발사업의 조기 추진을 지원한다.
지방자치단체는 지방의회 의결을 거쳐 세제지원방안을 확정하게 되며 현재 시범사업으로 추진중인 6개 기업도시(충주, 원주, 무안, 태안, 무주, 영암·해남)의 개발사업시행자와 입주기업이 혜택을 받게 된다.
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