노무현 대통령은 25일 고건 국무총리의 사표를 공식 수리하고 6월 초에 새총리후보를 지명하고 말께 통일과 문화관광, 보건복지부 등 3개부처에 한해 개각을 단행하겠다는 입장을 밝혔다. 노 대통령은 이날 오전 청와대에서 국무회의를 주재한 자리에서 "세분의 장관에 대해 변화가 있을 것이라는 보도는 사실"이라며 "그러나 개각이 늦춰지면서 개각 폭이 커질 것이라는 일부 보도는 사실과 다르고, 전혀 고려하고 있지 않다"고 밝혔다. 국무회의에서 노 대통령은 개각 배경에 대해 "변화된 정치상황을 수용하고 전체상황과 정국을 운영하는 것이 필요하다"면서 "그간 총선이 있었고 국회구성에 많은 변화 등 여러 고려요인이 있어서 세자리 교체를 결심했고 예정자들에게 통보했다"고 말했다. 노 대통령은 또 "개각은 6월 중순이 넘을 때까지는 어려울 것 같다"며 6월 말께 개각을 기정사실화한 뒤 "중간에 특별한 사정이 있으면 그건 그것대로 상의하자"고 말했다. 노 대통령은 특히 "공연히 언론보도를 보고 `내가 교체대상이 아닌가'하고 생각하거나 부처가 동요하는 일이 없도록 안정시키고, 직무에 자신감을 갖고 충실히 해달라"고 당부했다. 노 대통령은 이달말까지 총리직무대행체제로 운영하고 내달 초께 새 총리 후보를 지명해 제17대 국회가 개원된 직후 임명동의안을 제출, 인준절차를 끝낸 뒤 새 총리로부터 각료제청을 받아 3개 부처에 대한 개각을 단행할 것으로 예상된다. 노 대통령은 내달 초나 6.5재보선 직후 김혁규 전 경남지사를 새 총리 후보로 지명할 방침인 것으로 알려졌다. 이에 따라 새 총리 후보자에 대한 국회 임명동의안이 통과될 때까지는 이헌재 부총리겸 재정경제부장관이 총리 직무를 대행하게 됐다.