
그러나 이번 남북 국방장관회담의 핵심 쟁점이었던 서해상 공동어로수역 문제에 대해서는 끝내 이견을 좁히지 못하고 추후 장성급 군사회담을 열어 계속 논의키로 했다.
서해상 공동어로수역이 남북 상호간 입장차가 큰 북방한계선(NLL) 문제와 직접 연관돼 있다는 점에서 회담 전부터 합의에 대한 기대보다는 접점을 찾기가 어려울 것이라는 예상이 많았었다.
북측은 그동안 NLL은 유엔군에 의해 일방적으로 설정된 선이라며 재설정을 계속 주장해왔고, 물론, 이번 회담에서도 이를 문제삼았지만 우리측 대표단은 NLL은 1953년 정전이후 실질적인 해상경계선 역할을 해왔고 국민 정서상 NLL을 양보하는 것은 있을 수 없는 일이라고 맞섰다.
남북은 공동어로수역 문제에 막혀 군사적 보장 등 다른 회담 의제 조차 논의할 수가 없자 추후 장성급 군사회담을 열어 이 문제를 계속 협의하기로 하고 이행 가능한 부분을 먼저 협의했다.
예정상 오후3시에 합의서에 서명하고 회담종료 브리핑이 계획되어 있었으나 4시에 다시 협상테이블로 이어지고 19시가 넘어 합의문이 남북대화사무국으로 전송되어 협상의 어려움을 짐작케 했다.
남북 정상간 합의에 따라 열린 이번 국방장관회담에서도 합의에 실패한 공동어로수역 문제가 장성급 군사회담에서 타결될지는 여전히 의문이다.
그러나 NLL문제를 해결하지 않고서는 공동어로수역과 한강하구 공동이용, 서해직항로 통행등이 해결되지 않을 것이라는데 전문가들 사이에서도 이견이 없다.
일단은 이번 남북 국방장관회담에서 남북은 군사공동위원회 구성에 합의함으로써 공동어로수역과 관련한 이견의 근본 원인인 NLL 문제를 논의할 수 있는 장을 마련해 놓고 논의를 계속 하기로 했다.

이번 2차 남북 국방장관회담에서의 주요 합의사항을 보면, "남북 쌍방이 지상.해상.공중에서의 모든 군사적 적대행위를 금지하고 남북간 제기되는 모든 군사관계 문제를 상호 협력하여 평화적으로 처리하기로 합의"한것이다.
또한, 쌍방은 2004년 6월 4일 旣 합의한 「서해해상 우발적 충돌방지와 군사분계선 지역에서의 선전활동 중지 및 선전수단 제거에 관한 합의서」(6.4 합의서)를 비롯하여 이미 남북간에 채택한 군사적 합의들을 철저히 준수하기로 합의했다.
이는 상호 신뢰를 증진시키고 남북 평화와 화해협력의 흐름을 공고히 하고자 하는 남북 군사당국간 의지를 재확인한 것이라 할 수 있다.
특히, 12월 11일부터 개시되는 문산-봉동간 철도화물 수송을 군사적으로 보장한다는데 합의하였으며, 남북관리구역의 3통 문제에 대한 군사적 보장합의서를 12월초 군사실무회담을 개최하여 체결하기로 합의함으로써 2007 정상선언과 총리회담 합의사항을 적시에 이행하고 경제협력과 군사적 신뢰구축의 상호 선순환 구조가 정착될 수 있는 계기 마련한 것이라고 관계자는 설명했다.
또, 쌍방 차관급(부부장급)을 위원장으로 하는 군사공동위원회를 구성하고 제1차 군사공동위원회 회의를 조속히 개최키로 함으로써 기본합의서 체제 복원 계기를 확보하고, 제3차 남북국방장관회담을 2008년 중 적절한 시기에 개최키로 함으로써 국방장관회담을 연 1회 개최 가능토록 하는 계기 마련했다.
◈ 1992년 당시 남북간 합의한 군사공동위원회
▷ 남과 북은 불가침을 이행·보장하고 군사적 신뢰조성과 군축 실현 문제를 협의·추진하기 위하여 ‘남북군사공동위원회’ 구성·운영에 합의
(남북군사공동위원회 구성․운영에 관한 합의서, 1992.5.7 발효)
▪ 구 성
- 위원장 1명, 부위원장 1명, 위원 5명으로 구성
- 위원장은 차관급(부부장급) 이상, 부위원장과 위원의 급은 각기 편리하게 구성
- 원활한 운영을 위하여 필요에 따라 실무협의회 구성.운영
▪ 기 능
- 불가침의 이행과 준수 및 보장을 위한 구체적 실천대책 협의
- 군사적 대결상태를 해소하기 위한 합의사항 실천
- 위에서 합의한 사항의 실천을 확인.감독
◈ 남북간 旣 채택한 군사적 합의사항
◦남북기본합의서 및 불가침분야 부속합의서(1992)
- 분쟁의 평화적 해결 및 우발적 무력충돌방지, 무력 불사용, 비무장지대 평화적 이용, 군사직통전화 설치·운영, 군 인사교류 및 정보교환, 해상불가침경계선 협의, 대량살상무기와 공격무기의 제거, 단계적 군축 실현·검증 등
◦제1차 남북국방장관회담 공동보도문(2000.9.26)
- 민간인들의 왕래와 교류, 협력을 보장하는 데 따르는 군사적 문제 해결 적극 협력, 군사적 긴장완화, 전쟁위험 제거 공동 노력 등
◦제2차 남북장성급군사회담「6.4 합의서」(2004.6.4)
- 서해 경비함정간 국제상선공통망 운용, 불법조업선박 정보자료 교환, 서해통신연락소 설치・운용, 군사분계선 지역에서의 선전활동 중지 및 선전수단 제거 등
◦제5차 남북장성급군사회담 공동보도문(2007.5.11)
- 군사적 긴장완화, 서해충돌방지와 공동어로 실현문제, 남북경협 군사보장조치 협의 등
◦2007 남북정상선언(2007.10.4)
- 분쟁문제들을 대화․협상을 통해 해결, 불가침 의무 준수, 서해 우발충돌방지를 위한 공동어로수역(평화수역) 설정, 각종 협력사업에 대한 군사적 보장조치 문제 등