주택 매매시 일시적인 3주택 보유라도 양도소득세가 66%로 중과돼 논란이 되고 있다. 현행 세법에 따르면 양도세 중과대상인 1가구3주택은 양도시점을 기준으로 하고 있는데 만약 1가구2주택자가 보유주택 한 채를 팔고 다시 한 채를 매입할 때 매입·매도가 같은 날에 이뤄지거나 매도일이 빠르지 않으면 3주택자로 간주된다는 것이다. 따라서 소득세법 제104조 제1항 제2의3호, 소득세법 시행령 제162조의2 제5항에 의거, 3주택보유 의도가 없음에도 불구하고 주민세를 포함해서 66%에 이르는 양도세가 중과된다. 이로 인해 주거지 이전과정에서 납세자가 대금청산 시기를 잘못 조절하거나 종전 주택의 매각이 늦어져 생기는 일시적인 3주택이라도 예외 없이 중과되는 사례가 속출하고 있다. 국세청 관계자도 “주거이전 과정에서 이뤄지는 일시적 3주택 보유자가 3주택을 보유할 의사가 없는 것이 확실하다”며 “3주택이상 주택을 보유하는 것을 제재하기 위한 양도세 일괄 중과세규정 적용은 당초 법 시행취지와도 맞지 않는다”고 지적했다. 그는 또 “1가구2주택자가 주거를 이전하면서 일시적으로 3주택이 된다면 다른 주택 취득일로부터 3개월내 양도 주택에 대해 중과하지 않도록 제도적 보완이 필요하다”고 덧붙였다. 한편 1가구3주택자가 주택 2채를 동시에 팔 경우 올 들어 주택 1채에 대해서는 66%의 양도소득세가 중과되는데 납세자는 매도일자를 일부 조절한다면 세금부담을 크게 덜 수 있다. 예를 들어 3주택자가 같은 날 양도차익 1억원과 2억원의 주택을 동시에 팔 때 양도차익이 적은 주택에 대해서만 3주택 양도세율이 적용되고 나머지는 일반세율이 적용된다.