행정자치부는 지방자체단체의 무분별한 지방세 감면을 막고 효율성을 높이기 위해 2006년부터 ‘조세지출예산제도’가 도입된다. 행자부는 "2006년 시범실시를 통해 2007년부터 전국 지방자치단체에 지방세지출예산제도를 전면 도입한다"고 10일 이같이 밝혔다. 조세지출예산제도는 미국, 프랑스 등 대부분의 선진국에서 운영하는 제도로 세금감면과 같은 조세지원의 내용과 규모를 예산형식으로 정리하여 의회의 통제를 받게 하는 제도이다. 따라서 지자체는 매년 지방세 감면 내역을 예산형식으로 편성하여 지방의회에 제출하게 되고, 지방의회는 조세지출예산을 참고하여 예산편성을 하게 된다. 행자부는 "지방세지출예산제도가 완전 도입되는 2007년도부터는 정책별·기능별로 지방세 지원 내역을 한 눈에 파악해 재정지원과의 중복지원을 막고, 지방세 지원의 타당성을 검토함으로써 불필요한 지방세 감면이 축소될 것"이라고 밝혔다.