이명박 대통령은 28일 해군 초계함 침몰사건과 관련 “우선 현 단계에서 가장 중요한 것은 생존자의 구조”라면서 “실종자들이 살아있다는 믿음을 가지고 마지막까지 희망을 버리지 말고 최선을 다해달라. 현장 상황이 어려운 것을 알지만 가능한 모든 방안을 다 동원해 달라”고 지시했다.
이 대통령은 이날 오전 11시부터 네 번째 안보관계장관회의를 주재하고 밤사이, 그리고 오전 현장 진행상황과 특히 탐색구조단의 활동에 대한 집중보고를 받고 이같이 간곡하게 당부했다.

이 대통령은 또 “가족들에게는 그들의 안타까운 마음을 헤아려 진행 상황을 소상하게 설명하도록 하라”면서 “ 필요한 모든 지원을 아끼지 말도록 하라”고 말했다.
이어서 “중요한 것이 진상조사다. 철저한 조사로 정확한 원인이 규명돼야 한다. 모든 가능성을 염두에 두고 조사하되 섣부르게 예단해서는 안 된다”고 밝히고 “또 예단을 근거로 혼란이 생겨서도 안 된다. 철저하게 조사하고 내용이 나오는 대로 한 점 의혹 없이 모두 다 공개하도록 하라. 의혹이 생길 소지가 나오지 않도록 하라”고 강조했다.
이 대통령은 또 “안타깝게도 많은 실종자가 나오기는 했지만 해군의 초동대응은 잘됐다고 생각한다. 피해는 말할 수 없이 안타깝지만 그나마 초기 대응이 잘 이루어져서 더 큰 피해를 막았다고 생각한다”면서 “필요 이상의 불안이 생기지 않도록 모두 각자의 위치에서 흔들리지 말고 임무를 잘 수행해 달라”고 당부했다.
한편 청와대는 “지금 조사가 철저하게 진행되고 있다”며 “조사결과가 당국에서 발표할 때까지 섣부르게 판단하거나 아니면 다른 여러 가지 추론을 가지고 언급하는 것은 자제해 달라”고 언론에 당부 했다.
청와대는 또 “대통령께서 말씀하신 실종자들이 살아있다는 믿음을 가지고 마지막까지 최선을 다해 달라는 것이 오늘 안보관계장관회의의 가장 중요한 말씀이었다”면서 “시간이 길어지면서 여기저기에서 걱정하는 목소리도 나오고 있고 여러 가지 정황을 들어서 어려움을 하는 목소리도 있지만 그런 목소리에 신경 쓰지 말고 마지막 한 명의 생존자라도 구해야 되겠다는 사명감을 가지고 최선을 다하자는 것이 오늘 대통령의 말씀이었다”고 전했다.
청와대는 또 이날 일본의 하토야마 유키오 총리가 위로 전문을 보내왔다고 밝혔다.
하토야마 총리는 위로 전문에서 “이번에 귀국 해군 초계함이 침몰됐다는 소식을 들었다. 이런 비극적 사고가 발생한데 대해서 현재 귀 대통령께서 진두지휘 하시면서 구조 활동과 진상규명에 나서고 계신 것으로 알고 있다. 삼가 심심한 위로의 말씀을 드리고자 한다. 한 사람이라도 더 많은 생존자들이 구조되기를 기원 드린다”고 말했다.