교황 요한 바오로 2세의 서거 소식이 전해지자 노무현 대통령은 “대한민국 정부는 국민과 함께 깊은 애도를 표한다”고 밝혔다. 노 대통령은 3일 메시지를 통해 “요한 바오로 2세는 27년 동안의 재위기간 사랑과 용서, 화해에 입각한 확고한 신념을 바탕으로 종교 및 이념간 화해와 인류 호합을 위한 헌신적인 노력을 통해 세계평화와 인류공영에 크게 기여하신 평화의 사도로서 역사에 기억될 것”이라고 말했다. 노 대통령은 또 "우리 정부와 국민들은 요한 바오로 2세께서 1984년 방한해 103인의 시성식을 주관하시고 1989년에는 세계성체대회에 참석해 한국민과 한반도의 평화와 안정을 위해 각별한 애정으로 기도해 주신 것을 잊지 않고 기억할 것"이라고 밝혔다. 노 대통령은 "우리 시대의 위대한 정신적 지도자를 잃은 슬픔을 같이 하며 교황 요한 바오로 2세께서 추구해 오신 이상과 숭고한 뜻이 이 땅에 실현돼 온 세상에 평화와 축복이 함께 하기를 기원한다"면서 "사랑하는 길잡이를 잃은 전세계 가톨릭 신자들에게 위로의 말씀을 드린다"고 밝혔다. 한편, 노 대통령은 애도의 메시지를 발표한 데 이어 교황청 국무총리 앞으로 조전을 보내 거듭 애도의 뜻을 전했으며, 이날 오후에는 주한 로마교황청 대사관에 김우식 비서실장과 정우성 외교보좌관을 보내 조문할 예정이라고 청와대 김만수 대변인이 밝혔다. 교황 요한 바오로 2세의 서거와 관련, 우리 정부는 조만간 국가원수급 사망에 해당하는 조문사절단을 파견할 예정이다. 한편 교황 요한 바오로 2세(84)가 2일 오후 9시37분(한국시간 3일 오전 4시37분)에 서거 했으며 교황은 2일 오후 9시37분 처소에서 선종했다.