감염과 질병에 대한 방어기전은 다양하며 2개의system으로 분류되며 그 특성에 따라 자연면역 (natural immunity)과 획득면역 (acquired immunity)으로 나눌 수가 있다. 자연면역은 항원과 상관없이 자연히 일어나는 것으로 외부로부터 항원이 들어오기 전에도 이미 존재하고 있기 때문에 innate immunity이라고 부르기도 한다. 자연면역은 항원에 대비하여 미리 존재하고 있으므로 침입한 미생물들에 대하여 즉시 반응할 수 있게 되며 항원을 일차적으로 제거해주는 역할을 한다. 자연면역은 대부분의 항원에 대하여 언제나 반응할 준비를 하고 있기 때문에 각각의 항원을 서로 다르게 또는 특이적으로 구분하는 능력은 없거나 낮은 편이며 항원을 개별적으로 인식하는 것이 아니라 항원을 전체적으로 인식하므로 non-specific immunity라고도 불리기도 한다.. 획득면역은 항원이 침입하게 되면 그 항원에 의하여 유도되어 얻어지는 (획득되는) 반응으로 그 반응이 반응을 유도한 항원에 대하여만 나타나기 때문에 특이적 면역 (specific immunity)이라고도 불리기도 한다. 획득면역 반응은 항원에 의하여 유도되기까지 시간이 필요하므로 자연면역보다 늦게 반응하게 된다. 다시 말하면 획득면역은 자연면역반응에 의하여 항원들이 완전히 제거되지 않았을 때 유도되어 나타나는 이차적인 방어체계가 된다. 일반적으로 생각하는 면역이라는 것은 바로 이 획득면역을 말하는 것으로 획득면역반응은 자연면역반응과는 달리 항원을 각각 다르게 구분할 수 있는 능력이 있고 특정 항원에 대하여 특정한 반응만이 일어나므로 자연면역보다는 경제적이고 전문화된 면역반응이라고 볼 수 있다. 획득면역은 이전에 들어 왔던 항원을 기억하는 성질이 있으므로 같은 항원이 다시 들어왔을 때에는 처음 보다 더 빠르게 반응할 수 있기 때문에 자주 침입하는 항원에 대하여는 자연면역보다 더 효과적으로 항원을 제거할 수 있는 것이다. 이러한 획득면역반응의 성질 때문에 Jenner의 종두법이 성공할 수가 있으며 B형 간염 예방 주사를 맞고 HIV도 예방할 수 있다고 생각하지는 않는 것이다. 그러나 자연면역반응은 침입하는 미생물들을 각각 구별할 수 없기 때문에 자주 침입하는 미생물이라 하여 특별하게 대비할 수가 없다. 그러므로 예방접종에 의해서는 자연 면역반응이 향상되지는 않는다. 이들 두 가지 면역반응은 작용하는 방법과 시간이 서로 다르긴 하지만 서로 따로따로 존재하는 것이 아니라 서로 잘 협동하여 침입자로부터 숙주를 보호한다는 공동의 임무를 효과적으로 수행하고 있으며 ochestra (specific, non-specific) 와 비슷하여 어느하나라도 빠지면 전체 기능수행에 장해가 온다 2004년 10월 13일