법무부(장관 천정배)는 지난 7. 21. 행정중심복합도시 헌법소원 사건에대하여 “행정중심복합도시는 위헌 소지가 전혀 없다”는 내용의 의견서를 헌법재판소에 제출하였다. 법무부는 신행정수도 헌법소원 당시 헌법재판소가 “정책적 고려에 의한 정부조직의 분산배치는 가능하다”고 판시한 바와 같이 정부부처의 일부를 연기․공주지역으로 이전하는 것은 정부조직의 기능적․정책적 분산배치로서 허용되며, 행정중심복합도시가 새로이 수도가 되는 것도 아니어서 ‘서울이 수도’라는 관습헌법에도 반하지 않는다는 의견을 제출하였다. 아울러 법무부는 이번 헌법소원 사건의 성격과 관련하여, 이번 헌법소원은 기본권침해 구제를 요청하는 통상의 헌법소원과는 달리 정책반대 목적에서 제기된 것으로 헌법소원 제도 본질과는 거리가 있고, 관습헌법론 및 국민투표권 침해를 근거로 제기되는 헌법소원은 민중소송화, 입법권의 무력화 등 법치주의를 훼손할 위험이 있으므로,적법요건 및 기본권 침해여부에 대한 엄격한 사법적 심사가 필요하다는 의견을 제출하였다. 한편, 법령 자체가 헌법소원의 대상이 되려면 법령에 직접적으로 국민의 기본권을 침해하는 규정이 있어야 하나, 특별법은 국가기관에 대하여 일정한 행위의무를 부과하고 있을 뿐 국민의 자유와 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 내용이 없으며, 행정중심복합도시의 건설은 수도분할에 해당하지 않으며, 청구인들이 받게 된다는 불이익은 법적 이익이 아니라 사실적, 간접적, 반사적, 경제적 이익에 불과하여 자기관련성, 직접성 등 적법요건을 갖추지 못하였으므로, 적법요건을 결여하여 각하되어야 한다는 의견도 제출하였다. 나아가, 법무부는 헌법재판소가 ‘정책적 고려에 따라 정부조직의 분산배치는 가능하다’고 판시한 바와 같이 12부 4처 2청을 연기․공주지역으로 이전하는 것은 정부조직의 기능적․정책적 분산배치에 해당하여 ‘수도의 분할’이라고 볼 수 없고, 국무총리 및 행정의 중추기관이 대통령과 같은 지역에 소재하여야 한다는 관습헌법도 근거가 없으므로 헌법개정에 관한 국민투표권을 침해하지 않으며, 행정중심복합도시 건설은 헌법 제72조의 국민투표 대상에 해당하지 않을 뿐 아니라, 국민투표 부의여부는 대통령의 재량이므로 헌법 제72조의 국민투표권을 침해하였다고 볼 수 없고, 입법과정에서 65회에 걸친 공청회, 토론회 등 충분한 청문절차를 거쳤으므로 청문권 침해는 인정되지 않으며, 행정중심복합도시 예정지를 연기․공주지역으로 특정한 것은 국가균형발전을 위한 최적의 입지라는 판단에 따른 것으로 합리성이 인정되어 평등권을 침해하지도 않고, 납세자의 권리 및 재산권, 공무담임권, 직업수행 및 거주이전의 자유, 행복추구권 등을 침해한다고도 볼 수 없으므로, 기본권 침해를 인정할 수 없어 기각되어야 한다는 의견을 제출하였다.