신용보증기금과 기술신용보증기금이 매년 출자전환한 주식의 가치하락으로 수백억씩 손실을 봤다는 주장이 제기됐다. 국회 재경위 국정감사에서 열린우리당 우제창 의원은 "신보와 기보가 보증선 기업에서 채권 대신 받은 주식이 평가절하돼 2001년부터 2004년까지 각각 301억원과 148억원의 손해를 봤다"고 주장했다. 우 의원은 "신보와 기보는 구상채권을 보유한 기업이 정리절차에 들어가게 될 경우 채권단 결정에 의해 채권을 전환사채 등 주식으로 출자전환하면 이들 기업의 회생 가능성이 극히 희박해 주식의 처분이 힘들다"고 지적했다. 우 의원은 또 "이 금액은 양 기관의 손해액 산정에서 빠지게 되는 숨은 손실로 감액한 금액에 대해 또다시 출연을 요구하는 점에서 사실상 못 받은 빚으로 봐야 한다"며 "해당 기업의 정상화 노력과 함께 고위험 증권 거래시장의 조성으로 매각이 가능하도록 해야 한다"고 질타했다.