17일 고이즈미 준이치로 일본 총리의 야스쿠니 신사참배와 관련하여 민간단체들의 강렬한 반발이 있었던 데 더해 정부 역시 대 일본 외교에 있어서 강력한 대응 방침을 표명해 향후 한일 관계는 또 다시 짙은 먹구름 속에 휘말릴 전망이다. 청와대는 17일 김만수 대변인의 브리핑을 통해 올 12월로 예정됐던 노무현 대통령의 방일 정상회담은 물론 아태경제협력체(APEC) 정상회의 때도 한일 개별 정상 회담을 따로 갖지 않는 방안을 적극 검토하고 있다고 밝혔다. 이 자리에서 김 대변인은 “고이즈미 총리의 야스쿠니 신사참배가 한일관계에 영향을 줄 것이라는 인식하에 양국관계의 방향을 판단해 갈 것”이라고 강조하며, 별도의 공식 논평을 통해 서는 “일본정부는 한일관계와 동북아평화에 미칠 부정적 영향을 깊이 인식하고 이에 대해 책임을 져야 할 것”이라고 못 박았다. 이 같은 청와대의 입장은 해 마다 동북아 주요 국가들이 고이즈미 일본 총리의 야스쿠니 신사참배와 관련하여 거센 항의를 해 오고 있음에도 불구하고 주변국을 무시하며 신사참배를 강행한 것에 대하여 더 이상은 참고 넘길 문제가 아니라는 판단을 하였기 때문이라는 후설이 있다. 또한 청와대는 한 동안 독도 영유권 문제로 인해 양국간 경직되었던 관계에 더욱 찬물을 뿌린 것으로 판단하고 한일 갈등의 원인을 제공한 것이 일본 측인 만큼 일본의 구체적인 사과와 행동 없이는 급랭한 한일관계의 변화는 없을 것이라고 밝혔다. 한편 반기문 외교통상부 장관 역시 이번 상황에 대해 입장을 표명했는데 오시마 쇼타로 주한 일본 대사를 외교부 청사로 불러 “야스쿠니 신사에 참배하지 말 것을 여러 차례 요청을 했는데도 불구하고 참배를 강행한 것에 대해 깊은 유감과 실망을 금할 수 없다.”고 강력한 항의를 함과 동시에 “올해로 한일 수교 40주년을 맞이한 시점에 이 같은 상황이 발생한 것은 우리의 화해 노력과는 역행하는 행위로밖에 판단할 수 없어 심한 좌절감마저 느껴진다.”고 말하기도 하였다.