18일 건설교통부와 행정중심복합도시건설추진위원회는 행정중심복합도시의 건설이 “관습헌법에 의해 위배되기 때문에 헌법 개정을 위한 국민 투표를 해야 한다”는 주장에 대해 반박하는 의견서를 헌법재판소에 제출했다고 밝혔다. 건교부와 추진위는 이미 행정도시 건설 관련 의견서를 7월 18일 헌재에 제출했었던 바 있으며, 8월24일과 9월 26일에는 보충의견서까지 제출하였었다. 이번에 제출한 의견서에서는 행정중심복합도시법은 국회에서 이미 여야의 합의가 있었던 것임은 물론 행정부와도 긴밀히 협조하였기 때문에 위헌의 소지를 철저히 배제하였다는 점을 강조하였다고 전했다. 한편 두 기관은 행정중심복합도시 건설은 수도를 이전하려는 것이 아니라 정부부처를 분산 배치하여 국가균형발전을 도모하려는 것으로 헌법재판소의 판시 내용과 과거의 정부기관 이전 사례를 살펴볼 때 서울이 수도가 아니게 되거나 연기, 공주가 수도가 되는 일은 결코 없을 것이라고 밝혔다. 또한 행정중심복합도시 건설은 수도가 서울이라는 관습헌법에 어떠한 변경도 가져오지 않으므로 헌법개정을 위한 국민투표의 대상이 될 수 없다는 것을 강조하기도 하였다.