교육인적자원부(부총리겸장관 김진표)는 2006년 1월 17일 이 같은 내용을 골자로 하는「의·치의학 전문대학원 체제정착 추진 계획」을 발표하였다. 동 계획에 의하면, 금번에 전환 신청하는 대학은 2007년부터 전문대학원 전환 비율만큼 의·치의예과 학생모집을 중단해야 하며, 2단계 BK21사업 신청을 원하는 대학은 BK21사업 신청 마감일(2. 13∼14) 이전인 2. 3(금)까지 전환계획서를 제출해야 한다. 이번에 발표된 전문대학원 전환 기본원칙에 따르면 '의·치의학 전문대학원'으로 전환하는 대학은 2002년 발표된 기본계획의 방침의 따라 2009년까지 시범운영기간 동안 50% 범위 내에서 의예과 체제를 병행할 수 있고 아울러, 원하는 대학에 한해서 정원의 50% 범위 내에서 고교 졸업 후 대학입시 단계에서 전문대학원 진학을 보장하는 조건으로 신입생을 선발할 수도 있다. ※ 2006년 현재 충북대, 경희대에서 병행체제 운영중(의예과 50% + 전문대학원 50%) 또한, 2002년 발표된 당초 계획대로 2009년 양 체제의 성과를 종합적으로 평가하여 2010년 의사양성체제에 대한 정책방향을 최종 결정하게 되는데, 향후 2010년 최종 정책방향 결정시 전문대학원 제도의 공과를 실증적으로 검증할 수 있는 다양한 근거자료를 의·치의학계, 이공계 등과 긴밀히 협의하여 축적해 나갈 예정이다.