차기 보건복지부장관 내정자로 지명됐던 유시민 의원이 건강보험 지역 가입자였던 1999년 7월부터 2003년 4월까지 건강보험공단에 실제 소득액을 제대로 신고하지 않아 건강 보혐료를 축소 납부했다는 주장이 제기 됐다. 이 같은 주장은 6일 인사청문회를 하루 앞둔 5일 한나라당 전재희 의원에 의해 제기 된 것으로 전 의원은 지난 3일에도 유 내정자가 1999년 7월부터 2001년 1월까지 국민연금보험료를 내지 않았다고 폭로한 바 있었다. 유 내정자는 당시 성공회대 겸임교수와 신문사 칼럼게재, 인세 등으로 일정한 소득이 있었지만 소득이 없는 경우에 해당하는 건보료를 냈었다는 것. 더욱이 같은 해 12월까지 소득액 20만 원에 해당하는 건보료를 냈는데, 이는 유 내정자가 국세청에 신고한 소득액에 비해 최소 242만 원을 적게 낸 것이라고 주장했다. 또, 2003년 4월까지 계속 실제 소득 기준보다 적은 보험료를 납부해 4차례나 보험공단의 소득금액 조정을 받았다고 하며, 실제 소득액을 건보공단에 자진 신고하지 않고 의도적으로 소득 신고를 회피한 것은 도덕적 해이라고 강하게 비판하기도 했다. 더욱이, 유 내정자는 지난해 부인이 인하대 등에서 받은 소득에 대해 기본공제와 소수자 추가공제까지 신청했음에도 불구하고, 자신의 연말정산 서류에도 부인을 기본공제 대상으로 신고해 이중으로 소득공제 신청을 했다는 주장도 제기 됐다. 그러나 유 내정자는 이러한 주장들에 대해 지역 “건보료는 전년도 국세청 신고 종합소득을 근거로 부과되기 때문에 납부자가 직접 인세 등으로 수입이 생겼다고 공단에 즉각 신고하지 않아도 된다”며 “전 의원의 주장은 건강보험료 부과 체계를 이해하지 못한 것”이라고 해명을 겸한 반론을 내놓기도 했다.